Die Nutria verursacht ähnliche Schäden wie die Bisamratte. Indem sie sich von unterirdischen und überirdischen Pflanzenteilen ernährt, kann sie Röhrichte, Riede und Wasserpflanzen-Bestände empfindlich schädigen. In den FFH-Gebieten Fleuthkuhlen (Krs. Kleve) und Krickenbecker Seen (Krs. Viersen) ist die Nutria verantwortlich für den Rückgang des prioritären FFH-Lebensraumtyps Schneidenried („Schneiden-Kalksumpf“), der landesweit ausschließlich nur noch hier vorkommt. (NABU Kleve 2004).
Im NSG Bienener Altrhein (Kreis Kleve) haben Nutrias in den letzten Jahren die Landschaft völlig verändert: die ehemals das Gebiet prägenden ausgedehnten Großröhrichte und Typha-Bestände (potentieller Brutplatz der in NRW fast ausgestorbenen Rohrdommel) sind nahezu verschwunden. Die Trauerseeschwalbe, die bis 1980 im Röhricht des Bienener Altrheins gebrütet hat, wurde brütet seit 1997 nur noch auf künstlichen Nistflößen.
Im Einzugsgebiet der Lippe wurde die Prädation von Schwanenmuscheln durch Nutria und in der Folge das Verschwinden der Muscheln nachgewiesen (STEMMER 2017).
Im Stadtgebiet Münster ("Europareservat Rieselfelder Münster") leben Nutrias dagegen aufgrund des sehr guten Nahrungsangebots (enorme Bestände an Schilf, Rohrkolben etc.) in annähernd natürlichem Einklang mit der Umwelt. Die Schilfbestände müssen ohnehin im Rahmen von Gebietspflegemaßnahmen zum Aufhalten des natürlichen Verlandungsprozesses jährlich reduziert werden (Pelz et al. 1997).
Die Nutria verhält sich gegenüber dem Bisam aggressiv. Es wird berichtet, dass der Bisam in den von Nutria neu besiedelten Gebieten zurückgeht. Aus den nordrhein-westfälischen Jagdstatistiken ist ein solcher Zusammenhang jedoch nicht ablesbar. Gegenüber dem Biber scheint die Nutria sich behaupten zu können. Im Auswilderungsgebiet des Bibers am unteren Niederrhein ist bisher nach Wiederansiedlung des Bibers kein Rückzug der Nutria festzustellen (I. Bünning, mdl.). In Oberbayern, zum Beispiel an den Ismaninger Speicherseen konnte der Biber in ein Nutria-Siedlungsgebiet einwandern (Zahner 2004). Biber und Nutria scheinen den derzeitigen Beobachtungen nach im Lebensraum koexistieren zu können.
An Fließgewässern fördert die Nutria durch ihre Grabetätigkeit die Eigendynamik und kann auf diese Weise dazu beitragen, den ökologischen Zustand zu verbessern.